Прежде всего, сайт нужно наполнять уникальным контентом, и стараться, чтобы копий не было вообще. Поисковые системы могут применить достаточно жёсткие меры, даже за незначительное использование неуникальных материалов.
Определиться с запросами, по которым в дальнейшем планируется продвигать сайт, желательно ещё на этапе проектирования сайта. Это поможет сократить время на на доработки, и избежать возможных проблем.
Каждую страницу рекомендуется оптимизировать под 1-2 запроса. Ключевые слова должны быть в тексте в виде различных словосочетаний, прописаны в заголовке страницы, в теге title, alt - при наличии картинок, при этом не нарушая смысла, читаемости страницы.
Каждая страница сайта должна ссылаться на главную, в тексте ссылок должны быть ключевые слова. Желательно создать карту сайта, чтобы роботы поисковых систем без проблем находили страницы.
Ограничение исходящих на странице сохранит её ссылочную массу, которая поможет в дальнейшем повысить позиции новых страниц, или других сайтов. Для запрета индексации ссылок можно использовать тег noindex и атрибут nofollow.
Нужно стараться избегать кода на странице, без которого можно обойтись. Особенно это касается java-скриптов. Сделать html код максимально чистым поможет использование css.